Việt Nam và Indonesia đã ký trên 30 Hiệp định và thỏa thuận. Tổ chức nhiều chuyến thăm lẫn nhau giữa các Đoàn đại biểu cấp cao Nhà nước, Chính phủ, Quốc hội. Trao đổi các đoàn cấp Bộ, ngành, doanh nghiệp, đoàn thể quần chúng. Hoạt động giao lưu văn hóa. Indonesia cấp học bổng cho Việt Nam trong các lĩnh vực ngôn ngữ, nghệ thuật, công nghệ thông tin.

Một số địa phương hai nước chủ có lập quan hệ hợp như giữa tỉnh Kiên Giang (Việt Nam) và tỉnh Tây Kalimantan (Indonesia), tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu-thành phố Padang; thành phố Đà Nẵng và thành phố Somarang.

Hợp tác kinh tế-thương mại-đầu tư giữa Việt Nam và Indonesia ổn định. Kim ngạch thương mại hai chiều tăng trưởng tốt, đạt hơn 4,6 tỷ USD năm 2012, hướng tới mục tiêu 5 tỷ USD hoặc cao hơn trước năm 2015. Indonesia có 35 dự án đầu tư tại Việt Nam với số vốn trên 282 triệu USD, đứng thứ 27 trong số 101 quốc gia và vùng lãnh thổ đầu tư vào Việt Nam. Việt Nam cũng có 7 dự án đầu tư sang Indonesia với số vốn 107 triệu USD.